上条当麻与茵蒂克丝踏入黑夜笼罩的学园都市，迎接他们的，是新的阴谋与挑战。姐姐们陆续失踪，让上条当麻陷入深深的不安之中。与此同时，神秘的“幻想杀手”再度现身，成为威胁学园都市安危的可怕力量。 随着调查的深入，上条当麻和茵蒂克丝得知幕后黑手竟是强大的组织“统括理事会”。该组织企图通过一项名为“树形图设计者”的计划，控制整个学园都市，将异端分子赶尽杀绝。 上条当麻和同伴们与时间赛跑，阻止“统括理事会”的阴谋。他们面对强大的能力者和狡猾的策略，一次次突破重重难关。然而，随着事件不断升级，越来越多的人卷入这场纷争，包括黑子、美琴和御坂妹妹们。 当麻的“幻想杀手”所向披靡，撕裂了许多人的能力，却也让他面临道德困境。他必须在保护他人和自身信念之间做出抉择。另一方面，茵蒂克丝身负巨大秘密，在学园都市中四处奔波，寻找对抗“树形图设计者”的关键。 学园都市的暗流涌动，各方势力展开激烈的较量。上条当麻和伙伴们面临着背叛、欺骗和绝望。但他们心中那份不屈不挠的信念，使他们一次次站起来战斗，用鲜血和汗水谱写出一曲撼动学园都市的英雄赞歌。 在最后的决战中，上条当麻以无与伦比的勇气和牺牲，击溃了“统括理事会”的阴谋。学园都市恢复了短暂的和平，但上条当麻和茵蒂克丝知道，新的挑战还在前方等待着他们。